ディヴィッド・クリーガン（ジェフリー・ドノヴァン）は捜査中に頭部を撃たれ瀕死の重傷を負ってしまった。1年間の療養生活を終え仕事に復帰した彼の新しい赴任先は、OSC（組織犯罪・連続犯罪捜査局）という凶悪犯罪を専門に扱うFBIの新組織だった。クリーガンは銃撃によるPTSDを抱えながらも、OSCでの新しいパートナー、スーザン・ブランカ（ヴェラ・ファミーガ）とチームを組み、凶悪な犯罪者たちを捕えるべく、危険な捜査に身を投じるのであった。
ある日デイビッド・クリーガンは、追っていた犯人に頭を撃たれて一度死に、10分後に生き返った。数年後、元上司エンライトに呼ばれ、OSC（組織犯罪・連続犯罪捜査局）の捜査官として仕事に復帰。スーザン・ブランカのパートナーになる。最初の仕事は3人の少年の連続誘拐事件。クリーガンとブランカは現場で、犯人が残したと思われるパンジーを発見する。そのとき現場にいた不審な男を、追跡、逮捕する。しかしこのシリル・ケンプは犯人ではなく、夢を現実と、現実を夢と思い込んでいる男だった。実はクリーガンは犯人の目星をつけていた。今回第3のゲンバイに出没し、第1の誘拐を目撃していたロナルド・ヒンクス教授だ。実は97年にもコロラドで似たような誘拐事件が起きており、2人の少年が殺された。ヒンクスは当時コロラドに住み、やはり事件の目撃者として名乗りをあげていたのだ。その現場にもパンジーが残されていた。「ヒンクスが“夢の中で”少年を連れ去ったのを見た」というシリルの証言もあるのだが、確実な証拠がなく逮捕には踏み切れない。しかもクリーガンの分析だと、ヒンクスは警察との駆け引きを楽しんでいるというのだ。97年の事件と照らし合わせ、今回いなくなった3人の少年はまだ生きていると確信したクリーガンは次の行動に出る。
クリーガンとブランカはヒンクスの取り調べを行うが、ヒンクスは知らぬ存ぜぬでなにもしゃべらない。捜査は行き詰まるが、クリーガンは、シリル・ケンプから今回のキーワードは数字の3だと聞かされる。スウォープスがヒンクスの履歴を洗い、ヒンクスの友人の事故死を突き止める。友人の母親はヒンクスが息子を見殺しにしたのだと信じている。クリーガンは、ヒンクスが友人の葬儀に花を送ったと聞き、現場に残されたパンジーの花を思い出す。ヒンクスの容疑が強まる一方で、OSCに集まるのは状況証拠ばかり。再び、ヒンクスの元自宅を捜索すると、車庫が監禁部屋に改造されていたことが判明。97年の少年誘拐殺人事件の犯人はやはりヒンクスだったのだ。そんな中で、テレビ局のクルーが、偶然にも監禁された子どもたちの映像をキャッチ。クリーガンはヒンクスの身柄を確保するが、ヒンクス口を割らない。そして、遠くにそびえる3棟のマンションを見て、シリルの言葉を思い出したクリーガンは、そのマンションにヒンクスの犬を連れて踏み込み、子どもたちを無事保護する。子どもたちは救えたものの、ヒンクスは証拠不十分のため釈放となる。クリーガンが悔しさのあまり、ある夜、銃を持ってヒンクスの家に忍び込むが、すでにヒンクスは息を絶えていた。
連続放火殺人事件が発生。被害者は一見共通点のないジェーン・ハワードとデビー・ラインハート。どちらの女性も睡眠薬を飲まされ、ガソリンを浴びせられ、廃屋で焼き殺された。腕には“Y ME”－なぜ私が？－の文字が刻まれていた。第一容疑者はデビーの元恋人チェネリー。しかしクリーガンは「愚鈍すぎて犯行はムリ」と断言。次に挙がった放火魔サイモンも、バーナルが彼を見張っている間に別の場所で新たな被害者が出たためシロと判明する。新たな被害者クレア・ローガンについて調べるうち、最初の被害者ジェーンが養子にしたメラニーという娘が放火癖のあるために施設に預けられたこと、そしてメラニーが成長してクレアの部下となり解雇されていたことが分かる。クリーガンらはメラニーとデビーの接点を探すうち、実はデビーの友人リンがメラニーであることを突き止める。今は廃墟となった病院で、リンは眠らせた老婦人に今にも火をつけようとしている。現場に駆けつけたクリーガンは自分を身代わりにして老婦人を救う。リンは親に捨てられたことや念願の子を身ごもりながら不治の病を宣告されたことから絶望し、「なぜ私が？」との思いから犯行に及んだのだ。老婦人を救うため足に火傷を負ったクリーガンを見舞うブランカ。シリルは不眠のクリーガンに子守唄を歌ってやる。
2件の売春婦殺害事件が発生。2人とも同じ格好をさせられていた。それは6人のポン引きを殺して服役中のジャスティーン・ヘーゼルトンに似せたものだった。そのころクリーガンが、ヒンクス教授を殺したのは同僚のクラカワーだということに気づき始めていた。自分もヒンクスに殺意を感じていたクリーガンは、クラカワーの罪に複雑な気持ちを抱く。そして3件目の事件が起きる。クリーガンとブランカは、ジャスティーンに会いに刑務所を訪れ、捜査への協力を依頼する。初めは断られるものの、クリーガンの説得により、ジャスティーンが受け取った手紙の束を借りるまでに至る。手紙の分析により、ジャスティーンに異様なほど入れあげている「J」という男を容疑者と特定。ジャスティーンに「J」と連絡を取るよう頼む。OSCはジャスティーンを表向きは釈放させ、「J」をおびき寄せることに成功。「J」は拘束される。一方のクラカワーは、エンライトに事件への関与を知られ、証拠不十分で罪には問われないもののクビを言い渡される。そこへ「J」釈放の知らせが飛び込む。クラカワーは「J」をクリーガンらの目の前で射殺。苦渋の表情のクリーガンに、両手を差し出すクラカワーだった。
連続殺人鬼「ハングマン」に6人の女性が殺された。「ハングマン」と呼ばれる所以は、被害者の首を絞めてからロープで吊るすため。OSCに新しく派遣されたリバースによれば、2年前にも同様の連続殺人事件が起きているという。当時との違いは、被害者のタイプが娼婦や家出人などでなく権力や地位のある女性であること。ハングマンがコンタクトを取る唯一の記者スティーブン・レイニーは、ブランカが3年前婚約者に死なれた時に力になってくれた友人。レイニーからの情報提供もあり、クリーガンらはついにハングマンことジェレミー・カーバーを逮捕するが、尋問中、カーバーの口から思いがけずレイニーの名前が出たことから事態は急展開。クリーガンは事件にレイニーが絡んでいると確信して家宅捜索、レイニーがカーバーに資金援助をしていたこと、被害者についての情報を提供していたことを突き止める。レイニーが尋問されている間、すでに彼と関係を持ってしまっていたブランカは動揺を隠せない。ブランカに否定されたと感じたレイニーは、鬱屈とした思いからバーの女性店員を手にかける。それを知ったクリーガンは、ブランカの身が危ないと感じて彼女の自宅へ急行するが、そこにはすでにレイニーがいて、手には銃が握られていた。そして混乱の最中、待機中のリバースはブランカの身が危ないと判断してレイニーを射殺。婚約者に続いて友人を失ったブランカは、クリーガンの胸で泣く。
イラク帰還兵ばかりを狙った連続殺人事件が発生。被害者らは全員同じ部隊配属で同じタトゥーを入れていた。バーナルとリバースはタトゥーの線を追って調査をはじめ、最近同じタトゥーを入れたローラという女性を割り出す。一方、クリーガンとブランカは検死官から、遺体の頭部に施されていた傷はトレパネーションという医療施術だと教えられる。心の病を治すと民間で信じられているという。そんな中、帰還兵たちは戦地で受けたトラウマをかかえ苦しんでいた。現地で復興支援活動中、赤十字を狙った自爆テロがあり、大勢のイラク人が犠牲になっていたのだ。ローラの恋人のエスピーも苦しんだ一人だった。イラク人の恋人をテロで亡くしていたのだ。エスピーは、イラクの復興支援のために現地に赴いたにも関わらず、ゲリラによる自爆テロなどを受け、現実のやるせなさに苦しんでいた。そして、同じ思いを抱える兵士たちを、心の苦しみから救うつもりでトレパネーションを施し、殺していたのだった。クリーガンらは、ローラの協力でエスピーの倉庫を見つけ、兵士を救い出す。一方、クリーガンは、子どもたちとの距離の取り方で苦しんでいた。殺人事件を扱った日から3日間は子どもたちには触れないという、3日ルールを決めていた。しかし、ホリーはクリーガンに子どもたちは気にしていないからいつも通り接してほしいと伝える。
美術学校の学生ジャック、フィオナ、クレッグの3人はアートと称してウマを惨殺。級友のヴィンスは許されぬ事と知りながら逆らえないでいる。ジャックらを率いているのはどうやらストーカーという男。動物を使う過激なパフォーマンス・アーティストだ。OSCはウマ殺しを連続殺人事件の前兆として捜査を開始。容疑者として挙がったストーカーの自宅へ乗り込んだところ、仕掛けられていた爆弾で警官が死亡。ストーカーの行方を追ううち、彼の勤め先にジャックという名前の学生が出入りしていたことが分かる。そんな折、路上生活者3人が殺される。手口はウマ殺しに酷似。それもそのはず、犯人はジャック、フィオナ、クレッグの3人だった。OSCはゲンバイにあった手がかりから、ついにジャックの身元を突き止める。仲間の行為を見かねたヴィンスがついに非難の声を上げると、ジャックらはヴィンスを殺しにかかる。ヴィンスは逃亡し、母親と連絡を取ったところをクリーガンらに保護される。ヴィンスの告発で3人の学生は捕まり、彼らがケタミンという薬で幻覚のアートを夢見ていたこと、実はジャックがストーカーまでもを殺していたことが分かる。
19歳のエミリー・エイキンズが駅のホームで拉致され海岸で遺体となって発見される。容疑者はつい昨日、仮出所して消息を絶った“ミスター・クリーン”ことロイ・バスチャンだ。彼は女性を不浄のものとみなし、12年前にも同様の殺人を犯していた。エンライトはバスチャンを犯人と断定、その頑とした態度の裏には愛する女性を奪われた恨みがあった。エミリーの父親マーティンは、娘が死んだことでクリーガンを逆恨みし、クリーガンの妻ホリーの家に火を放つ。ホリーと娘2人は無事だったが、クリーガンは3人を保護下に置いてどこかへ移住させてもらえるようエンライトに頼み、事の元凶である自分は2度と彼らに会わないことを決意する。殺害現場に残された手がかりからバスチャンがあるモーテルの洗濯室に潜伏していることが発覚。クリーガンらは現場で彼を取り押さえる。エミリーの墓前で祈るクリーガンをマーティンが銃で威嚇。クリーガンはマーティンを押さえ込み、復讐で現実は変わらないと諭し、手錠をかける。植物園を訪れるシリルとクリーガン。シリルは、植物が温室という限られた世界でしか生きなれないのは可哀想だが、外に出して死んでしまうよりはそのほうが幸せだと語る。クリーガンはその植物に娘たちをなぞらえ、救われた気持ちになる。
子供と会えなくなり悲しみに沈むクリーガンのもとに新たな事件が舞い込んできた。ある夫婦が殺し屋に射殺され、息子エディが拉致されたのだ。まもなくエディと一緒にいた、アビーというウクライナ人女性が発見される。調べを進めるうち、エディは盗まれたアビーの子で、アビーはわが子を取り戻すためエディを養子にしたアームストロング家をたびたび訪ねていたということがわかる。アビーはその日もエディを遠くから見守っていたところ、殺人を目撃してしまったのだ。最初は何も言おうとしないアビーだったが、やがて子供に会えない悲しみを抱えるクリーガンに心を開く。OSCの捜査により、エディを盗んだのは、スランスキーという孤児院を経営するウクライナ人だとわかる。おとり捜査の実行のため、ウクライナ人の血を引くブランカはキエフに向かう。捜査の一環でブランカは女の子一人を買って任務は無事終了。ところが、返さなければならない女の子に情が移り、一緒にアメリカに連れ帰ってしまう。スランスキー逮捕はできたものの、ブランカの逸脱行為にエンライトは激怒する。一方、顔を見られた殺し屋はアビーを狙いに再び現れる。銃撃戦の末、殺し屋はクリーガンによって射殺される。アビーは息子を取り返せた。アビーの子供への強い愛情を目の当たりにしたクリーガンは、家族を失った寂しさをますます感じるのであった。
カトリック教会で告解を聞いていたボブ神父が襲われた。犯人は告解をしに来た男で、自らボストンで起きている連続殺人事件の犯人「ブレードランナー」を名乗る。神父は幸いにも一命をとりとめた。事件の捜査のためボストン入りした、クリーガン、ブランカ、エンライト、バーナル。ボストンはクリーガンの故郷であった。一行はボストン市警の女刑事ギルクリストと合流し、事件の概要を聞く。これまで殺された7人は、まず後頭部を殴られ手足を縛られ、腹を切り裂かれている。住んでいる地域以外に共通点はない。ボストンの人々はすっかりおびえ、ふがいない警察に対抗する自警団まで創設された。クリーガンは、入院中の神父の話を聞くうちに、救急医療士のラシャードを疑い始める。そして様々な条件が犯人と合致したラシャードを逮捕する。ところがラシャードにはアリバイがあった。退院した神父を訪ねたクリーガンは、神父から犯人が「フェイス」と「俺はどんなヤツか知らなくてもどういうヤツかはわかる」というメッセージを残したと聞く。そして教会の鐘の音を聞き、被害者の共通点は、それぞれ信じる神は異なるがあつい信仰心フェイスを持っていることではないだろうかと思い至る。考えをまとめるべく育った家のある地区まで行き、遠くから家を眺めるクリーガン。そしてふと家々のポストを見てメッセージの意味をつかむのだ。犯人は郵便配達人に違いない！その頃ブランカは、ボブ神父を訪ねていた。そして裏庭で気絶させられた神父を発見する。が、次の瞬間男に殴られる。この男こそが真犯人のフレッド。自分の不幸を神のせいにし、人間には魂なんてないんだと腹を割いて証明したかったのだ。駆けつけたクリーガンに助けられるブランカ。クリーガンは帰省してよかったと思っていた。
スーツを着た40代白人男性ばかりが狙われる通り魔事件が多発している。目撃情報による犯人像が、ボストン以来行方がわからなくなっているシリルと重なり、不安に思うクリーガン。シリルは精神科に通うのもやめており、バーナルは疑いを強める。そして次の通り魔事件。死体の横にシリルの携帯が落ちていた。シリルを見つけたクリーガンはOSCに連行する。シリルは証拠不十分で釈放され、クリーガンは送りがてら今の住居を探ろうとするが、ある家のポーチに腰掛けたシリルは頑なに口を閉ざす。だが実はそこが真犯人スペンサーの家だった。スペンサーは昔シリルと同じ精神療養施設にいた男だ。OSC3周年記念パーティーでみんなが集う最中に、新たな事件の通報が入る。スペンサーによるとアルファー・ナインに帰る前の最後の殺人だという。クリーガンは再びシリルを連行する。薬物治療を受けたシリルは、スペンサーのことを話し始める。またクリーガンに対する信頼を復活させる。スペンサーは逮捕され、シリルの疑いは晴れる。だがシリルはついに施設に戻されることになる。クリーガンはもうシリルとは会えないだろうとひそかに思うのであった。
オレゴン州ポート・エンディコットで夫クラサーズによって発見された女性の死体。車のトランクに、自分の心臓とともに入っていた。実は同じ手口の連続事件が2年前から起きていてこれが5件目だ。被害者に共通点はなく、5人ともごく普通の夫や恋人と暮らす女性たちだった。OSCのチームは現場に飛ぶことになった。しかし、行くのはエンライト、ブランカ、リバースのみ。クリーガンは、エンライトによって、こちらに残り家族のことを考え直すよう命令される。ポート・エンディコットに着くなり、リバースに弟ベンから、来てるから会おうと電話が入る。電話はそれだけで切れる。一行がクラサーズに会いに行くと偶然、クラサーズ家から下着を盗もうとしたボナーと遭遇、即逮捕する。殺人犯を装うボナーだが、実は殺された女性の下着を盗んで妄想にふけっていただけのコソ泥だった。また、事件の容疑者としてポート・エンディコット署に勾留されていた最初の被害者の夫ぷるーティングも犯人ではなかった。差別的思想を持つルクレア刑事が虐待のために捕まえただけだったのだ。リバースは、今回の事件の遺族である男性たちのカウンセリングをしているロビンズと会い、愛する者を失う悲しみがどんないに深いかを聞かされる。そして、ベンとの待合せ場所に行ったリバースは、死んでいるベンを発見する。クリーガンが現場に来てすぐに、6番目の事件が発生。ロビンズや被害者のパートナーたちに会ったクリーガンは、ある結論に達する。事件の動機は女性への憎しみではなく、残された男性たちへの憐れみだと。心臓は最愛の者をなくした男性たちへ捧げた物であり、犯人は彼らを慰めたかったのだと。
セント・バーソロミュー病院である晩3人の植物状態の患者が、心臓発作で死んだ。検出されたのはドキシジェンという心臓の動きを速める薬。第1容疑者として、安楽死を擁護するウォーカー医師の名が挙がる。一方、スウォープスとバーナルのチームは、病院の清掃員であるバージェスという若者に目をつける。彼はウォーカーのストーカーだった。同じ頃、クリーガンとブランカは、ウォーカーを取り調べていた。3人の被害者の首に「行かせて」というメッセージが書かれ消されていたことを発見したクリーガンはそのことをウォーカーにぶつける。しかしウォーカーはそのメッセージを、「行かせて」ではなく「もう一度行かせて」だとクリーガンに教える。取調べ中にウォーカーは犯人ではないと確信するクリーガンであったが、その証言により、犯人は一度死んだことのある人間ではないかと思い始める。延命治療拒否者であったバージェスへの嫌疑は晴れる。クリーガンは、自分も死んだことがあるということを知らせるワナを犯人に仕掛ける。ある日、モーテルに帰ったクリーガンは水を飲んだとたん意識を失い、気がつくとそばには病院の麻酔科医ジュディスがいた。ジュディスは、体は麻痺したままのクリーガンにドキシジェンを注射し、「向こう」がどんなだったかを知るまでは死なせないと一方的にしゃべって、蘇生術を施す。ブランカに発見されて一命をとりとめたクリーガンは退院の日、逃亡中のジュディスからの電話を受け取る。また3人に注射をした、3人の名前を知りたければ栗―ガンのモーテルに来いというのだ。駆けつけるとジュディスは注射針を自分の首に突きつけていた。ジュディスは昔自殺をはかって病院に運ばれウォーカーに蘇生されたのだった。
