フォックスリバー刑務所の脱出に成功したマイケルたち8人は合衆国内を逃亡していた。そして、その多くはユタ州をめざす。そこはウエストモアランドが隠した500万ドルが眠っているとされる場所だった。その頃、FBIの切れ者捜査官マホーンがマイケルのタトゥーの秘密に気がつき捜査を開始、刑務官だったベリックは賞金稼ぎに転身、そして、陰謀の黒幕である副大統領がついに合衆国大統領に就任した！逃亡するマイケルたちを追い詰める強力な包囲網が動き始めた！
マイケル、リンカーン、スクレ、アブルッチ、シーノートは予定していた脱出用の飛行機に乗りそこなってしまった！森の中をひたすら走り、丁度やって来た貨物列車をうまく利用してやっとの思いで追っ手を振り切る。一方、フォックスリバー刑務所ではFBIのマホーン捜査官が記者会見を行い、脱獄した指名手配8人の顔写真を公開していた。マホーンは首謀者マイケルの全身タトゥーに注目し、その秘密に気付くのだった。
FBIがメキシコ、カナダ両国境の緊急配備を固めた頃、マイケルはアブルッチ、スクレ、シーノートらに別れを告げていた。彼らはそれぞれの目的地へ、そしてマイケルとリンカーンは殺人罪の濡れ衣を着せられたLJを救うために裁判所へと向かう。リンカーンは弁護士を装ってLJに脱出の手引きを伝えるが、盗聴していたマホーン捜査官はそれがニセ弁護士だと見破る。
橋から転落して爆発した車を見ながらFBI捜査官が呟いていた。「苦労して脱獄して、こんな風に死ぬとは…」一方、思わぬ形で再会を果たした元看守のベリックとギアリーは、最初こそお互いを激しく罵り殴りあうが、脱獄囚にかけられた懸賞金を目当てに一致団結することで決着、さっそく古巣のフォックスリバーへと戻ると、マンチェを脅しマイケルたちの行き先を聞き出す。
FBIとは別行動で懸賞金目当てにマイケルたちを追跡するベリックとギアリーは、ついに2人を拘束！ しかし、マイケルたちの目的がユタに埋められている500万ドルであることを知ると、警察に差し出さずにユタへ道案内させようとする。家族との国外逃亡を予定していたアブルッチはフィバナッチへの復讐心がどうしても押さえられず、妻の制止を振り切って出かけていく…。
ユタ州へあと120kmと迫ったマイケルとリンカーンは捜査を混乱させる演出が見破られたことをラジオで知る。マイケルの作戦を見破ったマホーン捜査官はさらに資料を分析し、ウエストモアランドが伝説の強盗“D・B・クーパー”で、囚人たちが彼の隠し金500万ドルを目指してユタ州に向かっていると気付く。マイケルは目的の農場の位置を確認するため、大胆にも役所へ向かうが…。
ユタ州トゥエレの町。ウエストモアランドから聞いていた農場は跡形もなく住宅地へと変貌していた。埋めた金だけはまだ地中に残っているかもしれない、と考えたマイケルはもとの地図からある民家の車庫に目星を付けると電気工事を装って潜入する。その頃、マホーン捜査官もユタ州に到着、いくつかの情報から捜索範囲をトゥエレの町に絞っていた。
車庫での穴掘り作業をしているときに入ってきた女性警官はこの家の娘だった。うまくやり過ごすことができず、結局母親とともに人質として拘束することになってしまい、またしてもマイケルの計画に狂いが生じるのだった。一方、サラは電話の様子がいつもと違っていた父親が気になり知事室に会いに行くが、すでに知事は書斎で首吊り死体となっていた。
ついに床下から500万ドルを掘り当てたマイケルたち。しかし、ティーバッグはうまく仲間を騙し、金を持ち逃げしてしまう。父親の自殺で意気消沈して帰宅したサラは、理由もわからないまま突然命を狙われる。やっとの思いで逃げだすが、もはや頼れるのはマイケルだけだと感じ“折り鶴”に記された暗号を解読しようとするが…。
サラはマイケルから送られた“折り鶴”の暗号から待ち合わせ場所を推測し、飛行機で向かう。マホーン捜査官の執拗な追跡に脅威を感じたマイケルは、直接電話してある取引を持ちかけるが、かえって逆上させてしまう。一方、LJと移動中のリンカーンはダイナーの店員に目撃され、鉄道での移動を試みるが警官に見咎められてしまい…。
アリゾナで捕まったリンカーンとLJ。パトカーで連行される途中、謎の集団に襲われるが、彼らはリンカーンの父親の仲間で救出に来たのだった。コロラドの隠れ家に連れて行かれるとそこにはリンカーンの父アルドの姿があった。一方、無事に再会を果たしたマイケルとサラだったが、そこにマホーン捜査官の追っ手が迫る！
第11話『ボリショイ・ブーズ - BOLSHOI BOOZE』
再会したリンカーンに父アルドは、“組織”と大統領の陰謀を暴く計画を話す。しかし、ここにも刺客がやって来て間一髪で難を逃れる。これ以上息子を危険な目にあわせられないと判断したリンカーンはLJを“組織”に預け、父とともにマイケルとの待ち合わせ場所へと向かう。マイケルはそこで幼い日に別れて以来の父との対面を果たす。
ボリショイ・ブーズで落ち合ったマイケルとリンカーン、そして父親。過去の暗い記憶から父に激しい拒否反応を示すマイケルだったが、無実を晴らす証拠はサラが持っていること、まもなくすべてが解決することをアルドは話して聞かせる。時を同じくして現地に到着したマホーン捜査官は、すぐにマイケルたちを発見。まとめて始末しようと銃撃する！
驚くべき知能と執念深さで追跡を続けるマホーンは、もはや2人の兄弟を捕らえることではなく殺すことを考えていた。そのため、わざと兄弟が逃げられるような罠を仕掛け、逃亡したところを追い詰めるが……。
マホーンに騙しうちにされたマイケルとリンカーンだったが、ケラーマンの寝返りで間一髪命拾いする。ケラーマンの機転で州警察の追跡を振り切ると、3人はモンタナへと向かう。モンタナの山荘にはリンカーンが殺したことになっているステッドマンが実は軟禁されているのだ。ステッドマン生存を証明すれば殺人罪容疑は晴れる、と考えたマイケルはマスコミを利用しようとするのだが…。
潜伏していたモーテルを警察に囲まれ、絶体絶命のマイケルたちだったがケラーマンが一芝居打ってTV局のカメラマンを人質に逃走、その後自分達の告発映像を撮影しTV放送させる。ニュースでマイケルとリンカーンの映像を見たサラは、そこにメッセージが隠されていることに気付く。同じ頃、ニュース映像を分析したマホーンもメッセージがサラに向けられたものであることを突き止めていた。
無事にマイケルたちと合流したサラは、兄弟と一緒にいるケラーマンを見て激しい拒絶反応を示す。その様子から、ケラーマンがサラに拷問をした事実を知り、マイケルは怒りに震えるが、まだ利用価値があるという判断で一同は行動を共にする。目指すはシカゴ、そこにある会員制シガークラブに行けば、サラが父親から託された「鍵」の謎が解けるはずだった。
サラの父親が残した「鍵」はシガークラブのロッカーのものだった。クラブの会員の中にポープ元所長がいることを知ったマイケルは、捨て身の覚悟で協力を求めて訪ねる。一方、ティーバッグはホランダー親子を拉致すると、自分の生家へ連れていく。そこは何年も人が住んでいない廃屋だったが、そこで思い出を語り“家族”として一緒に新しい生活を始めたいと狂気の目で打ち明ける。
ロッカーから手に入れた録音データを聞いたマイケル、リンカーン、サラはその内容に愕然とするが、政府内の信用できる有力者に渡し、公表できるように画策する。しかし、データはオリジナルではなくコピーで、録音された日付が立証できなないため法廷では証拠にならないものだった。せっかく手に入れた証拠が役に立たないと知ったマイケルはデータをネタに大統領と直接取引しようと考える。
録音データをネタに大統領から恩赦をもらう計画をたてたマイケル。遊説中の大統領に近づくと「録音データを持っている」というメモを握手するふりをして大統領に渡す。不審な行動が目に付き、すぐに護衛官に取り押さえられてしまうが、なんとしてもデータの内容を公表されたくない大統領はシークレットサービスを下がらせるとマイケルとの取引に応じると答え解放するが…。
大統領の突然の辞任で、リンカーンの無実を晴らす手立てを失ったマイケル。残された最後の道、それは“姿を消すこと”だった。兄弟はパナマへ向かう船へ乗り込み、知らせを受けたサラもマイケルと運命を共にすると伝える。しかし、埠頭へ向かう途中でサラはマホーンに拘束されてしまう。サラと会えないまま、パナマへ到着し意気消沈していたマイケルのもとにスクレから「ティーバッグがパナマのホテルにいる」という伝言が届く。
パナマシティでマイケルに再会したスクレは、「ティーバッグのことを伝言板に残してない」と言い、マイケルはこれがFBIの罠でだと直感する。しかし、ティーバッグを刑務所に戻したいマイケルは、尾行して追い詰めると1対1の対決を挑む。一方、マホーンに逮捕されたサラは裁判で有罪がほぼ確定し、司法取引したほうがいいと弁護士に言われる。踏ん切りがつかず悩んでいると、思いがけず新たな有力証人が現れる。
すべてを投げ打ってパナマまでマイケルを追ってきたマホーン。彼はマイケルの持つ金と船を奪って、逃亡しようと目論んでいた。謎の男の命を受けたキムは、マホーンの裏切りを阻止しようとし銃撃戦となる。兄弟はそのどさくさに紛れて逃亡を図り、無事ヨットにたどり着く。出航しようとしたその時、現れた意外な人物とは……!?
