主人公マイケルは、シカゴで建設設計士をしている頭脳明晰で有能な男。 しかし、兄が副大統領の兄弟を銃殺した罪で死刑を宣告されたことで彼の人生は一変する。無実を主張する兄の言葉を信じ、独自で調査した結果、兄は何者かの罠にはめられたと確信する。彼は武装して銀行を襲撃し、計画通り、兄と同じ刑務所に収監される。 執行までのタイム・リミットは30日。彼は天才的な頭脳を駆使し、かつてない方法で超脱出計画を実行する・・・
マイケルは何不自由なく暮らす優秀な建築設計士。しかしある日、兄のリンカーンが副大統領の兄弟殺しの罪で逮捕され、死刑判決を受けたことから人生が一変する。異例のスピード判決、無罪を主張し続ける兄……得体の知れない陰謀に巻き込まれた兄を合法的に助けることは不可能だと知ったマイケルは、武装強盗を犯し自ら犯罪者となって兄と同じ刑務所へ入る。兄とともに脱出するために…。
マイケルは脱出に必要なボルトをティーバッグのベンチから抜き取るが、運悪く見つかり取り上げられてしまう。
その頃、所内は黒vs白人の不穏な空気が所内に漂っていた。
そしてついに暴動が発生、どさくさに紛れマイケルはボルトを取り返すがティーバッグとの確執を一層深めてしまう。
同房のスクレの協力がどうしても必要なマイケルは、石鹸を携帯電話に見せかけて隠し、彼が信用できる男かを試す。
スクレは恋人との面会をあきらめてまで秘密を守るが、テストだったと知って激怒、房を移ってしまう。
代わりに入ってきたヘイワイヤーは神経障害で夜は一睡もしないという変わり者、マイケルにとっては最悪の展開になってしまう。
ヘイワイヤーのせいで思うように“仕事”ができず、計画が遅れ気味のマイケル。所長に同房者の変更を嘆願するが、それに気付いたベリックからは逆に厳しく締めつけられる。
しかし、隙を見て計画に必要な薬品を手に入れ、診療室の排水溝に流し込むことに成功。さらに、ヘイワイヤーから暴行されたようにみせかけて房から追い出してしまう。
マイケルは、兄リンカーンに加え、アブルッチ、スクレを集め“仕事”の相談をしていると、所長から明日移送すると告げられ、愕然とする。古株のウエストモアランドの知恵を借りて移送差し止めの申請をするが、それも影の力が作用して握りつぶされる。そうとは知らないマイケルは逃走ルート確認の大胆な行動を起こすが…。
寸前で移送を免れたマイケル。だが、兄リンカーンの死刑執行が刻一刻と迫る。一気に“仕事”を進めたいマイケルは、囚人たちをイラつかせ看守がやってこないロックダウン（拘禁状態）を演出、騒動の間に壁の穴を広げる。しかし騒ぎは大規模な暴動に発展、囚人たちは刑務所内のいたるところで暴れ、看守が人質になってしまう。
刑務所内の暴動は激しさを増し、州兵が出動する事件に発展、知事のタンクレディも現場にやってくる。この騒ぎに乗じてスクレとアブルッチは協力して壁の穴を広げる作業を進める。すると、マイケルの計画通り古い下水路がみつかる。
自分の房を通らずに脱出ルートの下水路へ入るため、ある倉庫の床に穴を開ける必要があると説明するマイケル。しかし、そこは看守たちの休憩室に変わっており、忍び込むことすら困難だった。そこで、その休憩室への出入りを特別に許されているウエストモアランドを計画に引き入れようと誘いをかけるが、マジメ一本の彼はマイケルの誘いを素っ気なく断る。
ティーバッグの“恋人”セスが自殺した。助けを求められても何もしてやらなかったマイケルは自分を責め、ティーバッグに次の恋人候補として目を付けられた新入りのトゥイーナーは守ろうと決意する。一方、サラはマイケルが入所前にセラピーを受けていたことを知り主治医を訪ねる。すると彼は「マイケルは俗に言う天才なのだ」と意味深なことを話し出す。
アブルッチの組織がベリックへの賄賂を打ち切ったために、大事な刑務作業を他の囚人チームに奪われるという事態が起きる。なんとか取り戻さないと床の穴が見つかるのも時間の問題だ。焦ったアブルッチはマイケルを脅し、組織が探している男の情報を引き出す。結果、アブルッチの所内での権限も回復し再び作業を戻るが、シーノートが穴の秘密に気付いてしまう。
一人娘が末期がんに侵され、余命短いと告げられたウエストモアランド。何とかひと目会いたいと思い、一度は断ったマイケルの脱出計画に加わると申し出る。そして、ついに休憩室から地下通路に通じる穴を開通させることに成功するが、当初の予定より増えすぎたメンバーの人数を減らさなければ時間内に脱出ができない、とマイケルは気付く。
「メンバーを一人減らさなければ、成功しない……」この一言に一同はお互い疑心暗鬼に陥り、自分だけは脱出したいと勝手な行動をとり始める。そして、いよいよ迫った決行の前日、看守に計画が見つかりそうになり、とっさにリンカーンは気をそらすため看守を殴り懲罰房へ入れられてしまう。
リンカーンは死刑執行まで懲罰房に監禁されることになってしまった。マイケルにとってはリンカーン抜きの脱走では意味がない。が、いまさら中止とは言わせない雰囲気がメンバーたちの間に漂っていた。刻一刻と死刑の時刻が迫り、電気椅子の準備が始まる……。
リンカーンのいる診療室真下までたどり着いていながら、脱出を断念せざるを得なくなったマイケルたち。「電気椅子に不具合があれば死刑は3週間延期される」とウエストモアランドから聞いたマイケルは、ネズミをブレーカーに仕込みヒューズが飛ぶよう細工する。しかし、トゥイーナーにマイケルの様子を探らせていたベリックは仕掛けに気付き、すぐに修理させてしまう。
突然、死刑執行が延期された！ ホッとすると同時に事情がわからず呆然とするマイケル。リンカーンは「電気椅子に座らされた時、立会い室に行方不明になっている父親の姿を見た」と言うがベロニカもマイケルも幻覚だと言ってとりあわなかった。延期が決まったことにより、マイケルはタトゥーを見なおし新たな脱出ルートの準備を始める。
3年前―マイケルは設計事務所に勤め、順調な人生を送っていた。唯一の悩みは、問題をしては起こしては助けを求めてくる兄リンカーン。ある日リンカーンは借金のカタに殺人を強要され、もし断れば大切な人を殺すと脅される。迷った挙句、覚悟を決めて約束の場所に行くが、すでにターゲットは何者かに殺されていた！ 慌てて現場を立ち去るリンカーンをシークレットサービスの男がじっと監視していた…。
新しい脱出ルートの下見に行き背中に火傷を負ったマイケル。火傷で失った部分のタトゥーこそが実は脱出に不可欠な図柄＝地図だった。思い出せず焦るマイケル…しかもどうして火傷を負ったのか所長に尋ねられても答えられず懲罰房に入れられてしまう。房の中で壁を思いきり殴り続け、精神的に不安定と判断されたマイケルは、ついには精神科棟へ移される。
精神科棟にはマイケルの元同房者、ヘイワイヤーがいた。タトゥーを地図だと見抜いていた彼の記憶力を利用して、マイケルは火傷で失った図柄を手に入れようとする。
一方、看守のギアリーは、マイケルが移って空になっている房を囚人達の間で競りにかけようとする。壁の抜け穴が見つかるのを防ぐ為に、ティーバッグ、シーノート、ウエストモアランドは金の工面に奮闘する。
一般房に戻ったマイケルはいよいよ準備にとりかかる。新しい脱出ルートには診療室の鍵がどうしても必要だ。マイケルは診療室でサラと2人きりになった時に彼女のポケットから鍵を抜き取ろうとするが、後ろめたさが先行して思い切れない。ニカの協力でなんとか鍵を手に入れるが、それに気づいたサラは診療室の鍵を取替え、マイケルに冷たく接する…。
休憩室の床の穴がベリックに見つかってしまった！ そこへ偶然来合わせたウエストモアランドは、捨て身で殴りかかりベリックを気絶させ穴に放り込む。事態が急転し、すぐにも決行しなくてはならなくなったマイケルたちは大急ぎで準備に取りかかるが、最後のハードルである診療室の鍵がまだ調達できていなかった。マイケルはサラに「今夜脱出するから、鍵をかけずに帰ってほしい」とストレートに依頼するが……。
ベリックがいないことで、所内では今にも捜索が始まろうとしていた。マイケルは油断していた所長をナイフで脅して捜索をやめさせると、殴って気絶させてクローゼットに押し込める。その後、房へ何事もなかったように戻ると自由時間に続々とメンバーがマイケルのもとへ集合。そして、ついに壁の裏側へと脱出が始まった！ なんとか診療室までたどり着いたメンバーの目の前には、壁から外へ一気に伸びる1本のケーブル。これさえ渡りきれば…。
クローゼットに閉じ込められていた所長が発見された！ 所内に鳴り響く警報、狂ったように闇をかきまわすサーチライト。すぐに非常線が張られるが、その追っ手の網の目を縫ってマイケルたちは隠してあったバンに乗り込み、一路飛行場を目指す。そこにはアブルッチが手配した飛行機が、待っている……!!
